Um eine gleichmäßige Verteilung dieser Teilchen auf dem Trägerfilm zu erreichen, ohne dass diese z.B. verklumpen und nicht mehr einzeln dargestellt werden können, muss die Oberfläche hydrophil sein. Die Grafik in Abbildung 1 veranschaulicht die Bedeutung der Benetzbarkeit. Je kleiner der Kontaktwinkel Θ ist, umso weniger können sich dicke Tropfen ausbilden und die Flüssigkeit, mit den Teilchen darin, kann sich viel besser auf dem Trägerfilm verteilen. Dies kann mittels Glimmentladung in einer Vakuumkammer erreicht werden. Zündet man durch die Glimmentladung ein Plasma in reduzierter Luft, erhält man eine hydrophile, negativ geladene Oberfläche. Verwendet man eine andere reduzierte Atmosphäre, z.B. mit Alkylaminen oder Methanol, oder eine entsprechende Nachbehandlung, so kann man auch positiv geladene hydrophile oder aber hydrophobe (+/-) Oberflächen erzeugen. Abb. 2 zeigt, welchen Unterschied die Oberflächenbehandlung im Falle von menschlichen 20S Proteasomkomplexen machen kann. Erfährt der Trägerfilm eine Behandlung mit Luftplasma (a) ist die Orientierung der Proteinkomplexe vorzugsweise so, dass es sich um eine Draufsicht handelt, während man nach Beglimmung unter Amylaminatmosphäre (b) eine Seitenansicht der Proteinkomplexe erhält. Betrachtet man nur die Daten aus (a), könnte man meinen, die Proteinkomplexe hätten die Form eines Donuts. Die Seitenansicht belehrt jedoch eines Besseren: Von hier aus sehen sie eher wie eine Ziehharmonika aus. Aufnahmen von anderen Orientierungen sind vor allem dann hilfreich, wenn die Proteine der hohen Strahlenbelastung einer Elektronentomographie nicht standhalten können.